Kỳ Môn Độn Thuật 2 lấy bối cảnh vào thời Thiên triều, sứ thần Đông Doanh mê hoặc hoàng đế, mưu đồ thả yêu thần đã bị phong ấn hàng nghìn năm Si Vưu, để gây họa cho nhân gian. Các kỳ môn giáo phái đã bao vây đàn áp để bảo vệ phong ấn. Trưởng lão Đông Quách phiêu bạt phố thị, tình cờ gặp Liễu Tử Mặc trời sinh tài năng, ngỏ ý định nhận anh làm đồ đệ của mình.
Dưới sự thắt chặt truy đuổi của tặc tử Đông Doanh, nhóm người Lưu Tử Mặc đã nhiều lần chống cự, Đông Quách đã hy sinh thân mình để bảo vệ Lưu Tử Mặc rời đi an toàn, cũng như giao cho cậu đồng tỳ mở phong ấn. Bị buộc phải gánh vác trọng trách nặng nề, Lưu Tử Mặc bắt đầu hành trình tu luyện, đồng thời rơi vào một tình trắc trở. Yêu cơ Đông Doanh mê hoặc Nguyên Huệ Tử nhân cơ hội thả Si Vưu, thiên địa biến sắc, phong ba quật khởi, một trận tử chiến đã sẵn sàng bùng nổ.
